A Associação Alma Mater, nasceu da necessidade diagnosticada pela Sra. Maria Terezinha Staut Gomes Pinto Ferraz, de orientar adolescentes gestantes, uma vez que, trabalhava com orientação de controle de natalidade através do Centro de Planejamento Familiar – CENPLAFAM. Assim, lutou para que seu objetivo fosse alcançado e aos 29 de junho de 1992 foi efetuada a fundação da entidade.
Ocorre que, a Sra. Maria Terezinha foi procurada pelo então MMJ da Infância e Juventude da Comarca de Mogi Mirim, o Exmo Dr. Maurício Garibe, que expôs a necessidade da criação de um Abrigo para acolhimento de crianças vitimizadas em conformidade com a Lei Federal 8069/90- Estatuto da Criança e do Adolescente (ECA).
Em reunião de diretoria a Sra. Maria Terezinha, informou a solicitação do Dr. Maurício Garibe. Após efetuado um levantamento sobre o número de adolescentes gestantes e de crianças vitimizadas, a diretoria priorizou a instalação do Abrigo.
Aos 19 de novembro de 1993, a Casa Abrigo Alma Mater, com o apoio da Prefeitura Municipal de Mogi Mirim e parceria com o Estado inaugurou sua sede e recebeu suas primeiras crianças. Desde então tem feito isto com muito carinho em respeito à infância e juventude.
Em 2011, a então Juíza da vara da Infância e Juventude Dra. Claudia Regina Nunes convidou a Alma Mater para assumir a gestão do Abrigo direcionado somente para adolescentes que era gerado por outra entidade na época.
A diretoria da entidade se reuniu e deliberou por assumir assim, a segunda unidade da entidade.
Atualmente as duas unidades são mistas, atendendo crianças e adolescentes de ambos os sexos, com capacidade total para 40 acolhimentos.